Поплясала с бубном, пописала скрипты и вроде настроила обновление сертификатов Let's Encrypt так, как мне нужно. Ну, может быть идея товарищей выпускать сертификаты на три месяца, чтобы форсировать автоматизацию, была не такой уж и плохой.