А, ещё прикол. В настройках есть галочка «Autoupdate», которая никуда не сохраняется. Когда возникли какие-то проблемы с локальным файрволлом, Syncthing завис на попытке запроса информации о версии и дальше больше не пошёл – файрволл рубил этот коннект. Тогда-то я и узнала про галочку, которая всегда включена.