Взгляните глубже. Нафига вам, как пользователю, такие абстракции, как файл, файловая система, иерархия файловой системы, директория, корень и вот это всё? Это понятия, которые вам навязали когда-то как способ организации ваших пользовательских данных, и ваш вопрос про /custom - он целиком в пространстве этих абстракций, хотя может показаться, что этим вопросом вы хотите преодолеть навязывание.
Я искренне не понимаю вас. Вернее, ваше заявление, что пользовательские данные в корне ФС - это логично. Мне все же видится, что это дело привычки, и кажущееся удобство - субъективно. Вы (я тоже) привыкли мыслить в категориях файлов, но это не единственный способ организации данных. Могу ошибаться, но вроде бы на iOS пользователю вообще без разницы, как там у него файлы лежат, он работает с документами/фотографиями/что там еще.

https://habr.com/ru/article...ts/#comment_30378070
Внимание! На Хабре обнаружен один из знакомых Ципы!

Важные данные держите в windows\temp - там никогда ничего не удаляется.

https://habr.com/ru/article...16/#comment_30376172

Вы не поверите, один раз видел и такое. Строительная фирма держала там готовые проекты. Когда диск заполнился… Понятно, да?

https://habr.com/ru/article...ts/#comment_30376240

Самое эпичное, что я видел - это хранение рабочих документов в корзине. Причём выяснено было об этом тогда, когда размер содержимого перевалил за максимальный объём корзины, кто-то из других пользователей решил, что про неё просто забыли, и её опустошил. Пришлось при помощи Recuva восстанавливать утраченное.
А объяснили такое место хранения тем, что якобы злоумышленник, получивший доступ к компьютеру, не догадается там искать.

https://habr.com/ru/article...ts/#comment_30376632

Классика же, в корзине можно содержать несколько файлов с одинаковыми именами.

https://habr.com/ru/article...ts/#comment_30382026

они что, кино не смотрят? там всегда самое ценное в мусоре находят при обыске.

https://habr.com/ru/article...ts/#comment_30377848
Пиздец, клуб весёлых и находчивых.