К сожалению, «системные» настройки прокси, которые в Windows реализованы через Internet Explorer, не умеют «Proxy DNS when using SOCKS v5» и будут слать DNS запросы через DNS прописанный в системе.
В итоге получается, что работать это будет только в Mozilla Firefox (потому что он умеет слать запросы DNS через прокси) и в ПО где предусмотрены такие настройки.
Google Chrome и его производные, а также любое ПО использующее системные настройки прокси Windows будут слать запросы через DNS роутера-провайдера.

https://habrahabr.ru/post/335436/#comment_10358156
«Системные настройки прокси в Windows» – это просто настройки, типа как переменная PROXY в линупсе, если, конечно, твоя программа не использует WinInet. Не знаю, что там у автора творится в системе, но то, что в настройках IE (а это и есть настройки IE :} ) нет галочки про DNS, не означает, что программа, которая узрит адрес SOCKS прокси в системе, не будет разрешать адреса через этот самый прокси.
Альзо, там рядом есть юзверь, у которого Интернет – это только HTTP/HTTPS, ну и ещё пара программ, умеющих SOCKS. Ну или он просто верит в волшебную силу соксификации™ системы через указание SOCKS прокси в настройках IE.
https://habrahabr.ru/post/335436/#comment_10357450