симлинки, скрытые файлы, файлы у которых нет прав для smbd итд?

Ноу.

Из-за кластеров файлы на диске занимают чуть больше места?

Видимо. Но по идее «--bytes» должен учитывать только голый размер файлов.

man du

--apparent-size
print apparent sizes, rather than disk usage; although the apparent size is usually smaller, it may be larger due to holes in ('sparse') files, internal fragmentation, indirect blocks, and the like

Например, выделенное может приводить к такой разнице, т.к. при скачивании фрагментами обычно уменьшается

кстати вот да. я про возможные дырки в sparsed файлах забыл.
вполне возможно, что драйвер сетевой ФС тоже в них не умеет.
у тебя на это диск торренты качаются?

Есть там серебряный параметр, чтобы считало только размер, как в ls?

Не торренты.

Linda-chan, это он и есть)

Так не считает, как показано выше.