Кажись нашла то, что нужно! EncFS, а точнее, encfs4win:
http://members.ferrara.linu.../freddy77/encfs.html
Выглядит будто находится в противозачаточном состоянии, но вроде бы работает. Для толстолобиков: программа хранит зашифрованные данные в некоей папке, в то же время создавая виртуальный диск и отображая на него зашифрованные данные. В итоге все программы думают, что файлы хранятся на этом диске и не зашифрованы, а они налету шифруются и пишутся в папку. В итоге можно эту папку разместить в дропбоксе - на сервере будут только зашифрованные файлы. Польза: каждый файл синхронизируется отдельно; с файлами может работать любая программа, которая вообще может работать с файлами; шифрование происходит в автоматическом режиме, не нужно расшифровывать-зашифровывать каждый файл ручками.