Расследование показало, что Яндекс выдаёт UID писем не в порядке их поступления. Сначала у нас на сервере 100 писем, nPOP получает UID сотого и запоминает. Потом приходит письмо, на сервере их становится 101, но новое письмо оказывается где-то под номером 34. nPOP получаем UID 101 письма, видит, что UID тот же, совершенно не смущается несоответствию количества писем в прошлый и этот раз, и сообщает, что новой почты нет. Мда.